本版《深夜食堂》复制了大量日版情节，如前两集的故事改编自日版第三集的“茶泡饭三姐妹”，只不过原版中三姐妹爱吃的茶泡饭，在翻拍版中变成了某品牌的老坛酸菜牛肉面。原版中，三姐妹对茶泡饭各有偏好，一个爱吃梅子味，一个爱吃鲑鱼味，还有一个爱吃鳕鱼子味，不同的口味象征着她们不同的价值观。而翻拍版中，三姐妹被贴上“女博士”、“爱马仕”、“傻白甜”的标签，经历爱情和琐事折磨。
此外，“灌水”现象在本版《深夜食堂》中依然严重。第三、四集讲述日版第二集“猫饭女”的故事，讲一个没名气的歌手来店里吃猫饭，后被老板推荐给另一位做音乐的熟客，终于走红，却因病很快去世。日版20分钟讲完的故事，翻拍版花了一集半才讲完，徐娇拍摄MV的镜头重复了无数次，不少观众吐槽都快被徐娇的歌洗脑了。
刚刚完结的《欢乐颂2》被质疑是“广告颂”，到了《深夜食堂》，广告“硬植入”情况依然存在。剧中所有架子上，都摆放了桶装泡面、瓶装可乐、保鲜膜等广告商品，而且植入镜头都是Logo大特写，显得特别突兀，有网友怒批：“食堂快给泡面毁了!”
演员 吴昕承认演技不足
《深夜食堂》开播前，不少观众看到演员阵容都满怀期待，十几位客串演员堪称“全明星阵容”。在前六集中出现的就有吴昕、徐娇、刘昊然、赵又廷、戚薇等，随后还有张钧甯、萧敬腾、应采儿、任贤齐、陈意涵等明星客串。
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